Neste pequeno exemplo vamos abordar como gerar uma lista de espécies obedecendo a taxonomia proposta pela Lista de Anfíbios do Brasil da SBH (SEGALLA et al., 2021).
Para realizar essa tarefa precisaremos de alguns pacotes auxiliares
além do amphiBR. O código para instalação dos pacotes está
comentado, caso você ainda não possua o pacote instalado basta
descomentar e executar as linhas correspondentes.
# install.packages("tidyverse")
# install.pakcages("kableExtra")
library(dplyr)
#> Error in get(paste0(generic, ".", class), envir = get_method_env()) :
#> object 'type_sum.accel' not found
#>
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#>
#> filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#>
#> intersect, setdiff, setequal, union
library(kableExtra)
#>
#> Attaching package: 'kableExtra'
#> The following object is masked from 'package:dplyr':
#>
#> group_rowsPrecisamos primeiro obter uma lista aleatória de espécies para usar no nosso exemplo, importante frisar que ao utilizar a sua lista de espécies para filtrar o banco de dados, a nomenclatura deve seguir a adotada por (SEGALLA et al., 2021) no qual se baseia este pacote. No nosso caso utilizaremos os dados da própria lista para sortear 20 espécies aleatoriamente.
Existem diversas formas de entrar com uma lista de espécies em
particular. Ela pode ser criada diretamente no script como um
data.frame contendo duas colunas, uma para
gênero e outra para o epíteto
específico, ou pode ser lida a partir de uma planila do excel
ou arquivo .csv/.txt.
minhas_especies <- segalla2021 %>%
filter(species_id %in% sample(1:1188, size = 20, replace = FALSE)) %>%
select(order, family, subfamily,species_id, genus, epithet)
minhas_especies
#> # A tibble: 20 × 6
#> order family subfamily species_id genus epithet
#> <chr> <chr> <chr> <dbl> <chr> <chr>
#> 1 Anura Brachycephalidae NA 63 Brachycephalus mariaetere…
#> 2 Anura Brachycephalidae NA 70 Brachycephalus pulex
#> 3 Anura Brachycephalidae NA 77 Ischnocnema abdita
#> 4 Anura Bufonidae NA 197 Rhinella merianae
#> 5 Anura Hylidae Cophomantinae 446 Boana leucocheila
#> 6 Anura Hylidae Cophomantinae 447 Boana lundii
#> 7 Anura Hylidae Cophomantinae 460 Boana pulchella
#> 8 Anura Hylidae Cophomantinae 485 Bokermannohyla itapoty
#> 9 Anura Hylidae Dendropsophinae 517 Dendropsophus cruzi
#> 10 Anura Hylidae Dendropsophinae 536 Dendropsophus meridianus
#> 11 Anura Hylidae Dendropsophinae 546 Dendropsophus novaisi
#> 12 Anura Hylidae Dendropsophinae 555 Dendropsophus riveroi
#> 13 Anura Hylidae Dendropsophinae 559 Dendropsophus salli
#> 14 Anura Hylidae Dendropsophinae 567 Dendropsophus tintinnabu…
#> 15 Anura Hylidae Scinaxinae 674 Scinax duartei
#> 16 Anura Hylidae Scinaxinae 752 Sphaenorhynchus canga
#> 17 Anura Hylodidae NA 773 Crossodactylus timbuhy
#> 18 Anura Leptodactylidae Leptodactylinae 898 Adenomera inopinata
#> 19 Anura Leptodactylidae Leptodactylinae 927 Leptodactylus fuscus
#> 20 Anura Odontophrynidae NA 1086 Proceratophrys redactaCom a nossa lista das espécies de interesse em mãos, basta agora filtar o nosso banco de dados e gerar a tabela, faremos tudo isso num mesmo trecho de código.
options(knitr.kable.NA = '')
segalla2021 %>%
filter(species_id %in% minhas_especies$species_id ) %>%
select(order, family, subfamily, genus, epithet) %>%
kable(col.names = c("Ordem","Família", "Subfamília","Gênero","Epíteto Específico")) %>%
kable_classic_2() %>%
column_spec(1:3,bold = T) %>%
column_spec(4:5, italic = T) %>%
collapse_rows(columns = 1:3, valign = "top") %>%
row_spec(0, bold = T)| Ordem | Família | Subfamília | Gênero | Epíteto Específico |
|---|---|---|---|---|
| Anura | Brachycephalidae | Brachycephalus | mariaeterezae | |
| Brachycephalus | pulex | |||
| Ischnocnema | abdita | |||
| Bufonidae | Rhinella | merianae | ||
| Hylidae | Cophomantinae | Boana | leucocheila | |
| Boana | lundii | |||
| Boana | pulchella | |||
| Bokermannohyla | itapoty | |||
| Dendropsophinae | Dendropsophus | cruzi | ||
| Dendropsophus | meridianus | |||
| Dendropsophus | novaisi | |||
| Dendropsophus | riveroi | |||
| Dendropsophus | salli | |||
| Dendropsophus | tintinnabulum | |||
| Scinaxinae | Scinax | duartei | ||
| Sphaenorhynchus | canga | |||
| Hylodidae | Crossodactylus | timbuhy | ||
| Leptodactylidae | Leptodactylinae | Adenomera | inopinata | |
| Leptodactylus | fuscus | |||
| Odontophrynidae | Proceratophrys | redacta |
Simples não? Boas listas! Dúvidas, críticas, problemas ou sugestões pbarrosbio@gmail.com